黄瓜枯萎病是由真菌浸染引起的病害。病菌以菌丝体、分生孢子器或菌核在病残体、未腐熟的有机肥或土壤中越冬；也有的附着在种子上越冬，其生活力很强，在土壤中可存活5〜6年。当条件适宜时，病菌通过气流、灌溉水或风雨传播。病菌发育和浸染的适温是24°C〜25℃,最高34°C，最低4℃。空气相对湿度在90%以上时易发病。重茬地，土壤黏重、地温低，幼苗定植时伤根多，偏施氮肥或未腐熟的带菌肥料均易发病。
土壤中病原菌量的多少是当年发病程度的决定因素之一。重茬次数越多病害越重。土壤高湿是发病的重要因素，根部积水，促使病害发生蔓延。高温是病害发生的有利条件，地下害虫、根结线虫多的地块病害发生重。
黄瓜枯萎病的发病条件是种植不抗病品种，植株瘦弱，生长环境潮湿并有病残体等。