玉米丝黑穗病是一种以土壤传病，在苗期发病的病害。可以选用抗丝黑穗病的品种，使用药剂进行拌种，发病后及时拔除病株，并喷施萎锈灵可湿性粉剂或福美双可湿性粉剂等药剂进行防治。
种植抗病品种；及时摘除病穗或拔除病株；与豆类作物轮作；适期播种，促使种子早发芽，出土快，减少发病；用15%粉锈宁可湿性粉剂1千克拌种200千克，或50%敌克松可湿性粉剂1千克拌种125千克，或50%福美双可湿性粉剂1千克拌种500千克，或12.5%的烯唑醇可湿性粉剂1千克拌种330千克。
加强品种选择，必须选择抗虫病品种，这就病主要一是播种前进行拌种，二是生物防治三是化学防治。