水稻恶苗病的病菌在谷粒和稻草上越冬,次年使用了带病的种子或稻草,病菌就从秧苗的芽鞘或伤口侵入,引起秧苗发病徒长。带病的秧苗移栽后,把病菌带到大田,引起稻苗发病。当水稻抽穗开花时,病菌经风雨传到花器上,使谷粒和稻草带病菌,循环侵染为害水稻。