清除病源。发芽前清理残枝、枯叶烧毁。果园内不种高秆农作物，园外不植刺槐。及时夏剪，使树冠大枝成层，通风透光。药剂防治。同苹果轮纹病、干腐病。从落花后半个月开始，使用广谱杀菌剂进行喷施，每隔15—20天喷施1次。幼果期为重点防治期，用杀菌剂喷施。果实套袋。
苹果炭疽病的防治方法以农业防治和化学防治为主。首先加强管理，提高果树抗病能力；其次是铲除病源，同时要给果实套袋；最后适时用药。
因此在种植中，要平衡施肥，并合理修剪，保持良好的通风透光条件。在花前及花后喷施代森锰锌可湿性粉剂或苯醚甲环唑乳油等农药进行防治。
苹果树发芽前，全园喷铲除性药剂。生长季一般从落花后7~10天开始喷药，间隔10天左右喷1次，至果实套袋结束。不套袋果园则需喷药至采收前，具体喷药时间可结合果实轮纹病一并防治，即可基本控制炭疽病的危害。
防治苹果炭疽病，要求彻底清除病原，结合施肥深埋病枝、落叶、病果、病果台等病残体，生长季节及时摘除病果深埋，消灭病菌。果实套袋保护，预防感染病菌。