菠菜灰霉病的防治方法主要包括加强田间管理，及时摘除病叶和中下部老叶，收获后及时清理病残体，茬口轮作。在发病初期还可进行喷药防治，用药间隔期7-10天，连续喷雾防治2-3次，重病田视病情发展，必要时还要增加喷药次数。
定植后发现零星病株即开始喷洒65%甲霉灵(硫菌霉威)可湿性粉剂1500倍液或50%速克灵可湿性粉剂1500~2000倍液或50%扑海因可湿性粉剂、50%农利灵可湿性粉剂1000~1500倍液、50%扑海因可湿性粉剂1000倍液加90%三乙膦酸铝(乙磷铝)可湿性粉剂800倍液、45%特克多悬浮剂4000倍液、50%混杀硫悬浮剂600倍液、50%的多菌灵胶悬剂800倍液或75%的百菌清可湿性粉剂600~800倍液喷雾防治。隔7~10天一次，连续喷洒2~3次。采收前3天停止用药。
药剂防治菠菜的灰霉病，首先要加强田间管理、控制田间湿度、适当提高田间温度，然后用甲基托布津、施佳乐、速克灵、腐霉利等农药田间交替喷雾防治。