该病的发生与温湿度密切相关，地温20℃左右开始出现症状，地温上升到25～28℃出现发病高峰，地温高于33℃时，病菌的生长发育受抑或出现暂时隐症，进入秋季，地温降至25℃左右时，又会出现第二次发病高峰。夏季大雨或暴雨后，地温下降易发病。地势低洼、土壤粘重、偏碱、排水不良或偏施、过施氮肥或施用了未充分腐熟带菌的有机肥或根结线虫多的棉田发病重。
病株各部位的组织均可带菌，叶柄、叶脉、叶肉带菌率分别为20%、13.3%及6.6%，病叶作为病残体存在于土壤中是该病传播重要菌源。棉籽带菌率很低，却是远距离传播重要途径。病菌在土壤中直接侵染根系，病菌穿过皮层细胞进入导管并在其中繁殖，产生的分生孢子及菌丝体堵塞导管，此外病菌产生的轮枝毒素也是致病重要因子，毒素是一种酸性糖蛋白，具有很强的致萎作用。此外，流水和农业操作也会造成病害蔓延。