水稻纹枯病最初表现为在水稻苗中下部叶梢上出现暗绿色水渍状病斑，随着病情的发展，逐步扩展为灰褐色云纹状病斑，病斑中部呈现灰白色，潮湿时呈灰绿色，病斑与健康部分呈现黄褐色或褐色。随着病斑的增多和扩展形成大面积的不规则病斑，后期严重时在病斑上形成大量的白色菌丝，并结成浅黄褐色至暗褐色的形如油菜籽一样的菌核，使水稻的茎秆变软，其抗倒伏能力减弱，在高温高湿、水稻施入氮肥过多的情况下水稻纹枯病发生特别严重，导致成遍死亡。
叶鞘染病在近水面处产生暗绿色水浸状边缘模糊小斑，后渐扩大呈椭圆形或云纹形，中部呈灰绿或灰褐色，湿度低时中部呈淡黄或灰白色，中部组织破坏呈半透明状，边缘暗褐。发病严重时数个病斑融合形成大病斑，呈不规则状云纹斑，常致叶片发黄枯死。叶片染病病斑也呈云纹状，边缘褪黄，发病快时病斑呈污绿色，叶片很快腐烂，茎秆受害症状似叶片，后期呈黄褐色，易折。穗颈部受害初为污绿色，后变灰褐，常不能抽穗，抽穗的秕谷较多，千粒重下降。湿度大时，病部长出白色网状菌丝，后汇聚成白色菌丝团，形成菌核，菌核深褐色，易脱落。高温条件下病斑上产生一层白色粉霉层即病菌的担子和担孢子。