在小麦条锈病发病初期喷施药剂防治。药剂可用：20％三唑酮乳油1500倍液，或12.5％烯唑醇乳油1500倍液，或25％敌力脱乳油2000倍液、或15%粉锈宁可湿性粉剂。
杀菌剂可以选戊唑·多菌灵、烯唑·多菌灵或戊唑·咪鲜胺这样的药进行喷雾。
小麦锈病可进行农业防治，如选用抗病品种，生长中增施磷、钾肥，并注意及时排水降低湿度。也可以使用药剂防治，在播前使用粉锈宁进行拌种后播种，在发病初期喷施三唑酮可湿性粉剂或丙环唑进行喷施防治。
春季叶面喷雾小麦拔节至孕穗期病叶普遍率达2%～4%，严重度达1%时开始喷洒20%三唑酮乳油或12.5%特谱唑（烯唑醇、速保利）可湿性粉剂1000～2000倍液、25%敌力脱（丙环唑）乳油2000倍液，做到普治与挑治相结合。小麦锈病、叶枯病、纹枯病混发时，于发病初期，667m^2用12．5%特谱唑可湿性粉剂20～35g，对水50～80L喷施效果优异，既防治锈病，又可兼治叶枯病和纹枯病。