由于引起水稻烂秧的病因不同，症状有很大差异。烂种主要指稻谷播种后种胚变黑、发臭，甚至腐烂的现象。烂芽指播种后稻芽未能转青即死亡的现象。烂芽有生理性烂芽，常见的症状有淤籽、露籽、黑根和倒芽等生理性烂秧。侵染性烂秧由绵腐菌侵染所致。幼芽受害部分，初呈乳白色胶状物，后变成放射状白色物，最后呈黄色绵毛状物，俗称“水杨梅”；立枯病是由镰刀菌侵染后最初以根、芽基部为中心长出白色菌丝体，很快变褐导致幼芽和幼根变褐、扭曲、腐烂，又称“芽腐”，后期病芽基部长出粉红色霉状物。烂种主要是由于种子贮藏时受潮或种子消毒方法不善或催芽时温度和水分控制不当等原因所致。生理性烂秧主要有秧田操作质量差，催芽、播种及水浆管理不当，或不利环境及土壤中未腐熟有机物多而产生的还原性有毒物质所致。
水稻烂秧是秧田中发生的烂种、烂芽和死苗的总称，又可分为生理性烂秧、病理性烂秧、操作性烂秧。其中病理性烂秧主要由禾谷镰刀菌、立枯丝核菌、稻腐霉、层出绵霉等引起，发在在水稻上。烂种、烂芽一般发生在“现青”出苗之前，死苗发生在“现青”出苗以后，特别是在二、三叶期比较严重。
(1)生理性烂芽常见有：淤籽播种过深，芽鞘不能伸长而腐烂；露籽种子露于土表，根不能插入土中而萎蔫干枯；跷脚种根不入土而上跷干枯；倒芽只长芽不长根而浮于水面；钓鱼钩根、芽生长不良，黄褐卷曲呈现鱼钩状；黑根根芽受到毒害，呈“鸡爪状”种根和次生根发黑腐烂。(2)传染性烂芽又分：绵腐型烂芽低温高湿条件下易发病，发病初在根、芽基部的颖壳破口外产生白色胶状物，渐长出绵毛状菌丝体，后变为土褐或绿褐色，幼芽黄褐枯死，俗称“水杨梅”。