小麦受害后千综合粒重降低，发芽率下降，发芽势减弱，出粉率低，面粉质量差，色泽灰暗，商品价值降低。
小麦赤霉病从苗期到穗期均可发生，引起苗腐、茎基腐、秆腐和穗腐，以穗腐危害最大。湿度大时，病部均可见粉红色霉层。苗腐：由种子带菌或土壤中的病菌侵染所致。先是芽变褐，然后根冠腐烂。轻者病苗黄瘦，重者幼苗死亡。手拔病株易自腐烂处拉断，断口褐色，带有黏性的腐烂组织。茎基腐：腐幼苗出土至成熟均可发生，麦株基部组织受害后变褐腐烂，致全株枯死。秆腐：多发生在穗下第一、二节，初在叶鞘上出现水渍状褪绿斑，后扩展为淡褐色至红褐色不规则形斑，病斑也可向茎内扩展。病情严重时，造成病部以上枯黄，有时不能抽穗或抽出枯黄穗。穗腐：发生初期，在小穗和颖片上出现小的水渍状淡褐色病斑，后逐渐扩大至整个小穗，小穗枯黄。湿度大时，病斑处产生粉红色胶状霉层。后期其上密生小黑点，即子囊壳。后扩展至穗轴，病部枯褐，使被害部以上小穗形成枯白穗。
小麦赤霉病危害。1、苗腐：是由种子带菌或土壤中病残体侵染所致。先是芽变褐，然后根冠随之腐烂，轻者病苗黄瘦，重者死亡。。2、穗腐：小麦扬花时，在小穗和叶片上产生水浸状浅褐色斑，渐扩大至整个小穗，小穗枯黄。湿度大时，病斑处产生粉红色胶状霉层。。3、茎基腐：自幼苗出土至成熟均可发生，麦株基部组织受害后变褐腐烂，致全株枯死。。4、秆腐：多发生在穗下，初在叶鞘上出现水渍状褪绿斑，后扩展为淡褐色至红褐色不规则形斑或向茎内扩展。
对小麦的质量和产量的影响、对人畜禽的健康危害以及对生态环境的影响等方面。
小麦赤霉病造成死苗，穗腐，严重影响小麦产量。
轻者病苗黄瘦，重者幼苗死亡。手拔病株易自腐烂处拉断，断口褐色，带有黏性的腐烂组织。
小麦白粉病危害症状：该病可侵染小麦植株地上部各器官，但以叶片和叶鞘为主，发病重时颖壳和芒也可受害。初发病时，叶面出现1—2mm的白色霉点，后逐渐扩大为近圆形至椭圆形白色霉斑，霉斑表面有一层白粉，遇有外力或振动立即飞散。后期病部霉层变为灰白色至浅褐色，病斑上散生有针头大小的小黑粒，即病原菌的闭囊壳。小麦纹枯病危害症状：幼苗发病初期，在地表或近地表的叶鞘上先产生淡黄色小斑点，后呈典型的黄褐色梭形。
小麦感染赤霉病后籽粒干瘪，不仅引起小麦产量降低、品质降低，同时，小麦赤霉病的病菌还会在染病的籽粒上分泌毒素，进而危害上端食物链，若小麦感染赤霉病的病麦率含量达到4%以上时，将不能食用，使小麦完全失去商品价值。
种植小麦得了赤霉病的危害是造成小麦叶片发黄、茎叶出现病斑现象。
小麦赤霉病病原菌侵染穗部后，会使小麦的籽粒变小、变轻，同时还会导致小麦籽粒表皮出现黑色霉斑，烘干时会导致断裂，影响粮食的质量。同时，小麦赤霉病还会影响小麦的产量，一旦大面积感染，会导致小麦减产，严重时甚至使整个小麦产区的秋收受损。