病菌侵染幼果多自花蒂部侵入，由此向全瓜蔓延。病瓜外部变褐，迅速软腐，湿度大时，病瓜发病部位长出白色锦毛，后在其中隐约可看到绵毛状霉顶有灰白色至黑色头状物。
发病初期，根茎部处出现水浸状病斑，病部逐减缢缩，茎内维管束变成褐色，但不向上发展，侧根无明显病症，而叶片表现出新叶叶缘变褐色并逐渐枯焦，叶片逐渐变黄；后期病部变糟，留下丝状褐色维管束，整株萎蔫而枯死。高湿时，病部出现白色（或粉色）霉层。
病菌侵染幼果多自花蒂部侵入，由此向全瓜蔓延。病瓜外部变褐，迅速软腐，湿度大时，病瓜发病部位长出白色锦毛，后在其中隐约可看到绵毛状霉顶有灰白色至黑色头状物。最后，幼瓜全部烂掉，俗称“果腐”、“烂蛋”。少数情况下，成熟果实也可局部变褐，软化腐烂。茎和叶柄感病时呈水浸状褐色软腐。
西葫芦茎腐病病菌从采瓜、打叶的伤口中传播，初期伤口出现胶质物后感染腐烂、病处变褐色，最后腐烂枯死。