进行种子检疫，选用抗病品种，播种前选种可减少病原，适时拔除田间病株，以减少初侵染来源。化学防治：防治蚜虫传播，灭蚜要适时，在迁飞前喷药效果最好，可用50%抗蚜威可湿性粉剂10克，或用25%快杀灵60毫升加水50？60千克喷雾。种植抗病品种，合理密度，间套种植，加强肥水管理，病毒病以预防为主。播种前严格选种，清除褐斑粒。适时播种，使大豆在蚜虫盛发期前开花。苗期拔除病苗，及时防治蚜虫，加强田间管理，培育壮苗，提高品种抗病能力。由于大豆花叶病毒以种子传播为主且品种间抗病能力差异较大，又由于中国各地花叶病毒生理小种不一，同一品种种植在不同地区其抗病性也不同，因此，应在明确该地区花叶病毒的主要生理小种基础上选育和推广抗病品种。侵染大豆的病毒，很多是通过种子传播，因此，种植无病毒种子是最有效的防治途径之一。建立无毒种子田要注意两点：一是种子田四周100米范围内无病毒寄主植物，二是种子田出苗后要及时清除病株，开花前再拔除一次病株，经3-4年种植即可得到无毒源种子。一级种子的种传率低于0.1%，商品种子（大田用种）种传率低于1%。
