赤霉病的发生与气候关系最大，尤其是抽穗期至扬花期遭遇多雨阴雨天气，气温较高时，容易造成小麦赤霉病的大流行。小麦赤霉病的发生还与品种关系较大，短芒或无芒品种抗性最差，最容易感病。此外，地区及越冬菌源数量也是影响赤霉病发生的重要因素，南方江淮地区气温高，雨水多，空气湿度大，越冬菌源多，容易大发生；北方黄河流域至东北麦区，温度低，雨水少，空气干燥，大发生年份较少。小麦生长的各个阶段都能受害，苗期侵染引起苗腐，中后期侵染引起秆腐和穗腐，以穗腐危害性最大。地势低洼，土质粘重，排水不良，造成麦田湿度高，会降低小麦的抗病能力，常会引起小麦赤霉病流行。
