为保持菌盖的新鲜、干净，不易开裂，在采收前需进行喷水，以提高空气湿度。但是喷水量不宜过大且不能向已采收的平菇喷水，因为这样会造成菇体腐烂。只要同一丛菇体的大部分菇体成熟就可大小一起采收，不必等到小菇长大后再一起采收。通常一潮菇采收2次就可以了。采完第一次后让培养料面干四到五日时间，再喷一次水在料面上，盖好准备的薄膜，方便出菇，继续菇房管理。当菇床上大部分菇体已成熟，就要及早清床，以保证下一批次的管理。单独的平菇采收使用一只手抓住平菇下部分位置的培养料，另一手拧的方法。而如果是丛生菇，为避免将培养料整块带起，而不使用生拉硬拽的办法，而是用刀紧贴菇床表面将菇体割下。因为菌盖质的较脆容易开裂，需要要轻拿轻放并尽量减少搬运次数，采收下来的菇体在表面盖一块湿布然后再放入干净、光滑的容器内，以保持湿润及避免菇体损伤。
