猪流行性腹泻的病变主要集中在小肠，表现为肠管膨胀扩张，内含大量黄色液体，肠壁变薄，小肠绒毛显著缩短。肠系膜淋巴结水肿，肠系膜充血。尸体呈现脱水消瘦，眼球深陷。显微镜下观察，小肠尤其是空肠段上皮细胞出现空泡并脱落，绒毛长度与肠腺隐窝深度的比例从正常的7:1下降到3:1。胃内常见黄白色凝乳块，胃底粘膜可能轻度充血并有粘液覆盖。整个小肠充满黄绿色或灰白色液状物，含有泡沫和未消化的乳块。肠系膜血管扩张，淋巴结肿胀。此外，通过显微镜观察可以看到受损区域的绒毛从中度到严重变短，形成融合状，伴有发育不良的刷状缘。所有年龄的猪都易感染此病，但6月龄以下的猪发病率最高，成年猪发病率稍低，多发于寒冷季节，传播迅速。仔猪的死亡率可达50%，主要传染途径为消化道。
