1阻碍生长发育；2抑制免疫机制；3损害生殖功能；4破坏代谢功能；5抵制造血功能；6损害组织器官；7致癌与致畸。
对养猪业危害最严重的霉菌毒素是黄曲霉毒素，黄曲霉毒素对免疫系统有抑制作用，因此使得猪只容易患细菌、病毒或寄生虫等疫病。虽然霉菌毒素的自然污染量还不至于引起明显的中毒症状，但却会引起慢性霉菌毒素病及免疫抑制。白血球缺少症;血清总蛋白量降低;消化道的水肿和出血病变;肝脏和肾脏的变性病变，黄曲霉毒素的毒性很大，尤其是黄曲霉素毒性最大。黄曲霉毒素耐高温和低温，一般的煮沸或-40丈以下的低温均不能将其破坏。因此黄曲霉毒素是饲料卫生标准中的一个重要指标。