取鸡粪便一小块用生理盐水稀释后，滴在载玻片上放入显微镜下观察，或将鸡肠内容物或直接刮取肠粘膜作涂片镜检，可发现圆形物或边上有一层亮环的瓜籽样物一球虫卵囊。
本病多发生在温暖季节，以3周龄及1.5个月龄的雏禽易感染，发病率和死亡率都高。病雏衰弱和消瘦，鸡冠和粘膜苍白，泄殖腔周围羽毛被粪便所粘连，运动失调，翅膀下垂，排出血便，剖检时可见盲肠和小肠有病变。根据这些特点，即可怀疑为球虫病。最后诊断，要检查出虫卵。检查方法是：取少量病鸡肠病变粘液，放在清洁的玻璃片上，滴上生理盐水混匀，盖上盖片，镜检。
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病死鸡黏膜及鸡冠苍白或发青，泄殖腔周围羽毛被液体排泄物污染。主要病变在盲肠，可见盲肠肿胀好几倍，呈棕红色或暗红色，质地比正常坚实，剪开可见血凝块，或是含有一种黄白色豆腐渣样、混有血液的坏死物质。
外观检查:为了解鸡是否患有球虫病，观察鸡冠是否苍白、是否嗜睡、羽毛是否凌乱、肛门不洁、脱水、贫血等现象。应特别注意粪便，球虫病常引起鸡腹泻，如稀便、黏液便、血便等。这些是鉴别鸡球虫病的好方法。具体表现:小肠球虫表现为采食量增长缓慢或降料明显，排西红柿样粪便和蛋黄色稀便，饲料消化不全，鸡群消瘦，陆续出现站立不稳或出现死亡。剖检可见肠壁增厚、肠粘膜损伤。盲肠球虫主要表现是大群整体看似正常，个别鸡的鸡冠苍白，出现拉血便或酱油色水便，还伴有恶臭。剖检可见盲肠肿大、出血。
生前用饱和盐水漂浮法或粪便涂片查到球虫卵囊，或死后取肠粘膜触片或刮取肠粘膜涂片查到裂殖体、裂殖子或配子体，均可确诊为球虫感染，但由于鸡的带虫现象极为普遍，因此，是不是由球虫引起的发病和死亡，应根据临诊症状、流行病学资料、病理剖检情况和病原检查结果进行综合判断。