琴叶珊瑚的病害主要是煤烟病。煤烟病会危害叶片、枝条和果实，严重影响叶片光合作用，造成植株长势衰退，影响观赏。发病初期，叶片、枝条或果实表面会出现一层暗褐色霉斑，逐渐扩散。防治方法包括使用50%甲基托布津可湿性粉剂800倍液、50%多菌灵可湿性粉剂400倍液或5%菌毒清500倍液喷洒生成病害的部位，以及对琴叶珊瑚进行适度的修剪，创造良好的内部通风条件。
目前暂时没有发现琴叶珊瑚遭受虫害，如果发现虫害，可以选择相应的杀虫剂进行灭杀。
注意事项方面，琴叶珊瑚的乳汁有毒，所以在处理琴叶珊瑚的病痛时要小心，避免让自己陷入危险。如果误食或误触了琴叶珊瑚的乳汁，要立刻进行催吐和清洗。
