1、品种难种，种苗难买
（1）品种
现在市面上出现越来越多的网红百香果，品种类别多层出不穷，比如香蕉百香果、红心百香果、绿皮百香果和哥伦比亚热情果等等。
虽然很多农户有心想要种植，但受气候、地域因素等影响，生长良好就是结不出果实，大多都尝试无果后放弃，宣告种植失败了。
（2）种苗
台农、紫香、黄金果和满天星是目前百香果种植四种最常见的品种，但是对于想要种植户百香果的农户而言，成功购买到优质百香果种苗是件难事。
许多无良商家售卖的百香果种苗大多都品种不纯正或带有病毒，自然无法培育出高品质的百香果，从而打击的种植的积极性。
2、种植技术不成熟，经验不足
俗话有说百香果粗生犷长，不用花费很多心思，可以随便打理，但真正有这方面种植经验的农户才知道，种百香果容易，百香果管理起来就寸步难行了。
加上百香果种植技术的书籍各个市面上少之又少，视频教程更是难找，没有资源全靠传授实战经验，所以说没有过硬的技术还真不敢随便种百香果，大部分农户只能望而却步。
3、病虫害多，治疗困难
（1）百香果的病虫害简直不是一般的多，并且治疗起来非常棘手，比如百香果的茎基腐病等同于人类患上癌症一样，治疗成本花费极高，如满天星绿斑病等同癌症晚期，妙手也无法回春。
（2）再加上病毒病、黄金果黄化等问题，一旦发病就无可救药，只能眼睁睁看着一年到头心血白费，除此之外，还有重治疗轻预防，无法准确判断病虫害，不懂科学用药等问题，等到发现时往往为时已晚。
4、农药化肥假货横飞
病虫灾害多，用来治疗百香果的农药化肥在市场上更是鱼目混珠，一些无良农资商打着各种幌子卖假招摇撞骗，骗取无辜农户的信任，不仅病害无法及时施药救治，耽误了救治时间，也增加了用药的成本负担。
5、天灾人祸，收益不稳
台风降雨、寿光事件、瓜农一夜全园西瓜被劈事件等等天灾人祸防不胜防，可能第一年收成好信心大增，来年又出现各种问题，能赚也能亏，收益波动大。
6、销路难找，价格起伏
虽然百香果是目前市场上比较有潜力的水果，但同样会会遇到销路难的问题，据了解百香果在福建价格普遍高于广西价格，价格存在变数，很不稳定。
7、种植管理成本不低
搭架子、果园除草、采摘果子以及施肥喷药都需要人工管理，人工成本根据不同地域和工作内容会有所差别，但基本上1人每天150-300元左右，也是一笔不小的支出。
8、政府重视度不够，补贴不足
虽然近年国家加强三农补贴，并设农民丰收节以表重视，但政策方面还在不断完善，实际补贴也不高。