1.菌丝徒长
食用菌接种后营养生长过旺，绒毛状菌丝生长致密，覆土后常“钻”出地面，并形成菌被。出现这种情况与菌种特性和环境条件有关，土层含水量较少、培养料含氮量过高、通风不良、空气湿度过大等都易引起菌丝徒长，产生“冒菌丝”现象。
常见的防治方法：选用优质菌种；将板结的菌被撬松、破坏掉；覆盖细土，增大通风量，降低空气相对湿度；用喷重水的方法促使菌丝扭结，形成子实体；喷施生长调节剂，促使其由营养生长向生殖生长转化。
2.菌丝萎缩退化
在发菌及出菇阶段，有时会出现菌丝发黄、发黑、萎缩退化甚至死亡的现象。
料害碳氮比失调、培养料酸化、滋生杂菌、消毒杀菌药剂使用不当、料内残留有害物质等均不利于菌丝的生长。对此应加强预防，搞好培养料的配制与发酵，并认真检查培养料，测试酸碱度，找出具体原因，视不同原因与菌丝退化情况，采取不同的补救措施。若是培养料酸化，应喷适量石灰水调节；若因消毒剂不当引起菌丝退化，应重新调整培养料，进行补充接种。
湿度过大菌丝怕湿不怕干。如果出菇期喷水过多，覆土过薄，水渗入料内，会造成菌丝萎缩，甚至死亡。发生这种情，况要注意通风散湿，并适当改变喷水方法，喷水不宜过大、过急。
高温热害在高温、闷热且通风不良条件下，菌丝易发黄死亡。可通过加强通风、调温控湿，使菌丝恢复生长。
菌丝活力不强若因菌丝本身生活力差而造成菌丝细弱、萎缩的，在覆土前可喷三十烷醇、蛋白胨溶液或蘑菇健壮剂，促其恢复生长，使菌丝健壮。
3.畸形菇
薄皮菇培养料过薄、养分不足；覆土过薄；菌丝生活力不强或菌丝徒长、板结，出菇部位高；菇房通风不良，高温、高湿；出菇密度大，生长过快，养分跟不上；菌丝老化，吸收养分能力下降等，都会产生薄皮菇。
防治方法：前期搞好培养料的发酵，合理覆土，生长期加强通风，降低菇房温度及湿度，适当追肥，补充养分等。
空心菇形成原因：气湿较高，幼菇生长迅速，土层水分不足；幼菇生长过程中气温先高后低，培养料先干后湿，培养料上湿下干，土层较湿，料层较干；菌盖表面水分蒸发量大，菌柄中间缺水。
防治方法：维持菇棚合适的温、湿度，高湿期应早、晚通风，中午关窗，避免温度过高以及水分蒸发过快；保证空气相对湿度不低于90%；出菇水和结菇水要喷足，避免出现外湿内干、上湿下干现象。
硬开伞气温突然下降，气温与料温、气温与土温反差较大，细土湿度过高而菇棚温度过低等，使菇体养分代谢紊乱，造成土层中的菌柄与土上的菌盖生长不平衡而产生分裂分离，进而形成硬开伞。
防治方法：注意保温，不让冷风吹进菇棚，减少温度变化，保持适当的空气湿度和培养料含水量。
地雷菇形成原因：覆土后通风过程，土层含水量过低；土层内菌丝萎缩，播种后发菌迟；气温偏低；料内混有泥土。
防治方法：适量喷水，保持土层合适的含水量；覆土不宜超过3厘米；不使用掺土的牛粪等。
长柄菇产生原因是空气相对湿度过高、通风不良、二氧化碳浓度过高；菌丝衰老、土层菌丝生长无力。
防治方法：加强通风换气，喷施蘑菇健壮剂。
球菇播种时种块过大，覆土厚度不均匀，培养料含水量不均，几个或几十个子实体拥挤在一起等会导致产生球菇。防治方法：播种时把菌种撒匀；适当增加覆土厚度，均匀覆土，合理调节水分。
铁锈斑菇床面喷水后未及时开门通风，菇房湿度过大，子实体表面积存小水珠，时间长后会产生铁锈色斑点。
防治方法：喷水后延长通风时间，阴湿天气搞好通风换气，保持空气新鲜，挑选好的覆土材料。
鳞片菇气温偏低，菇棚偏干，环境干湿度差突然加大，菌盖容易产生鳞片。
防治方法：出菇期注意提高空气相对湿度并保持稳定，防止冷风突然袭击菇棚等。
红根菇多是产菇前喷水过多，土层含水量过大；过量使用葡萄糖溶液；所喷石灰水、尿素溶液浓度过高；通风不良。
防治方法：产菇期土层含水量不能过高；采菇前菇床不能喷水；菇床喷石灰水或追肥时，要注意把握好浓度。
玫瑰冠菇即菇盖边缘翻翘卷起，菌褶长到菌盖表面，褶片泛红变色，象玫瑰色鸡冠。多由化学物质污染引起，如培养料内混入了矿物油或酚类化合物；菇房内、菇房附近喷洒了农药，产生一定量的有害气体，都会导致产生玫瑰色鸡冠菇。
防治方法：存放油或农药的仓库不宜改作菇房；不用被化学物质污染的土作覆土材料；菇房内不能用煤油灯照明，用煤炉或木材炉加温的，要加强通风换气；培养料建堆时不能与矿物油或酚类物质接触等。