一、通风条件不好。草菇是一种高温好氧性真菌，很多菇农想让棚内的温度提升，通常会去延长覆盖的时间，导致大棚里面的二氧化碳积累太多造成小草菇由缺氧而死。但是通风量过大，水分极易的散失，也对草菇的生长非常不利。实践表明，可以在种植之后的4天内，在每天上午10时左右进行通风约30分钟左右，伴随着菌丝量的增加以及“针头菇”的出现，通风的时间需要慢慢的增加到每天2小时。
二、气温突然变化。草菇属于恒温结实型的食用菌。适宜菌丝成长的的气温是30摄氏度到39摄氏度，温度在15摄氏度之下或者是在42摄氏度之上都将会停止生长。子实体生长气温范围在28摄氏度到33摄氏度之间，20摄氏度之下的低温或是45摄氏度之上的高温都将会造成小菇蕾出现萎蔫死亡现象。所以在温度低时需要利用双层覆膜等技巧进行保温，在盛夏酷暑需要注意进行喷水并搭棚遮阴降低温度。
三、湿度不适宜。水分不充足，菌丝体成长就会减慢，子实体出现干枯死亡现象；水分太多，会造成菇床通风不良，致使出现大量烂菇、死菇现象。所以我们需要掌握适宜的湿度，通常培养料的适含水量为百分之七十，菌丝体成长期空气相对湿度为百分之八十，对于子实体生长阶段，保持空气相对湿度在百分之九十。
四、病虫害的传播。不合理的栽培管理不当，会造成大量的出现病虫害。在培养料含氮量比较高的时候，鬼伞就会严重的产生，与草菇争夺培养料中的营养成分，致使草菇死亡，因此在配料的时候需要严格控制其含氮量。使用玉米芯、麦秸、稻草作主料的时候，需要添加百分之五的麸皮或者是百分之四发酵腐熟的畜禽粪。使用含氮比较丰富的棉子壳作为主料的时候，可以不添加氮源，但是需要注意防止螨虫的危害。
