平菇菌袋发菌过程中会出现杂菌侵染，特别是绿霉菌、连孢酶会造成栽培失败。现将产生的原因和防治方法介绍如下：
1.培养料受潮污染
新鲜、干燥、贮存管理好的培养料，含病害数量相对较少，适应于生料栽培，但贮存期限较长，受潮结块的培养料，含病害数量会比较多，若未经杀毒处理，直接用于生料栽培，则极易造成杂菌污染。若培养料有结块受潮现象，应做发酵处理或进行熟料栽培，进行发料栽培和发酵栽培时应在培养料中拌入克霉灵、菌绝杀等食用菌专用杀菌剂，生石灰加入量可为3%～6%。
2.栽培种带杂菌
平菇菌种应发满菌立即使用，否则会因菌龄过长形成很厚的老化菌皮或遇到低温导致种袋大量出菇，以上两种都应属于老化菌种，使用了这些老化菌种，菌丝萌发慢，菌丝抗污染能力低，杂菌污染率肯定会高于低龄菌种。因此，菇农朋友们购买栽培种时，一定从正规菌种场预定购买适龄菌种，以免造成损失。
3.菌种质量差
有的菇农只图价格便宜，不顾菌种质量，购买了质量差的菌种。这种菌种萌发后菌丝稀疏，色泽发灰，菌丝长好后培养料不易接块，这种菌种分解能力差，抗杂能力很弱，因此接种后也很容易遭受杂菌污染。
4.发菌管理不当
平菇菌丝适宜发菌温度在20～32℃之间，温度高于35℃则菌丝停止生长，此时应注意及时倒垛，严防烧堆，温度高于40℃则菌丝很快即会死亡，鬼伞等杂菌就会大量发生。
但发菌温度并不是越低越好，一定要适度，若温度低于15℃，这时平菇菌丝生长很慢，而绿霉菌等杂菌则发生机会高，尽量调整菌袋的发菌温度在适宜范围之内。
