棚室辣椒移栽以后，通常由于温度、湿度等条件适宜，极易发生根部病害，如根腐病、青枯病和疫病等，造成植株成片枯死，不但延误季节，而且会造成严重减产。因此，对于这些根部病害应及早采取措施加以有效防控。
除了坚持合理轮作、加强棚室管理、注意清理田园等农业防治方法，要做好药剂防治。对辣椒根部病害要早发现、早防治，抓住发病初期及时用药防治。一般防治根腐病可用50%甲基硫菌灵可湿性粉剂500倍液，或50%多菌灵可湿性粉剂600倍液，或50%甲霜灵锰锌可湿性粉剂600倍液，或绿亨二号500倍液灌根，每次每株灌0.5公斤，可7天灌1次，连灌3-4次；对青枯病可用绿乳铜600倍液，或70%代森锰锌500倍液，或75%百菌清可湿性粉剂600倍液灌根，每次每株灌0.5公斤，可7天灌1次，连灌3-4次；对辣椒疫病可用50%甲霜铜可湿性粉剂500倍液，或50%甲霜灵锰锌可湿性粉剂500倍液，或72.2%普力克水剂600-800倍液灌根，每次每株灌0.5公斤，可7天灌1次，连灌3-4次。注意药剂要交替使用。
