蘑菇白腐病又叫褐腐病、水泡病，是蘑菇病害中发生最普遍、为害最严重的一种病害。秋季栽培的蘑菇发病重于春菇。被害的蘑菇最初在菌盖及菌柄的表面发生褐色瘤肿，以后逐渐增多，严重时病部形成一层白色霉。防治：及时清除病菇。发现病菇时，应立即将病菇连同菌丝体以及10厘米深处的培养料一起挖出烧毁或深埋，病穴用消毒土填平。同时用4％福尔马林消毒工具，预防病菌传染；降低温度、湿度。在不使菇房冷却的条件下，开窗通风，降低温、湿度。控制空气相对湿度在95％以下，温度降至17℃以下；在菇长出之前，每10平方米菇床用10克多菌灵加水75千克喷洒菇床表面。如采用上述措施后病害仍然继续发展，可把覆盖土全部拿掉，换用无菌土壤，重新覆盖。
蘑菇棉絮状菌是一种真菌性病害，初生时其菌落的形状和色似棉花絮，老熟后产生橘白色。该病发生面广，如不及时防治，会使蘑菇减产60%以上，甚至绝收。该病菌在10℃～25℃均可生长，最适宜温度为20℃。防治：在水分管理上采用干干湿湿的方法，能有效地抑制该病的发生。对已发病的床面，要经常撬松病区土层，加强通风，促使该病菌的死亡。
蘑菇胡桃肉状菌病侵染菌种时，在未长满的菌种瓶中出现浓密的白色菌丝，菌丝较短，有许多小白点，不形成菌被，易被误认为是菌丝徒长或发生菌丝变异。在覆土层中与培养料上形成不规则脑状物，表面有不规则的皱褶，极似核桃仁和花椰菜。它的子囊果有时可集成很大一团，直径可达5～10厘米。但很容易分开成许多小块，直径0.5～1.5厘米不等。菌肉疏松质软，捏破后有一股令人厌恶的腥臭味。防治：菇房的管理要注意通风换气，要防止菇房形成一个高温、高湿、又不通气的不良环境。对已发生胡桃肉状菌的床面，要马上撒上一层生石灰粉，面积比发病区大。同时，停止喷水15～20天，检查是否该病已被控制，连同土粒取出菇房处理，覆上高ph值的新土粒。当气温下降到15℃以下时，再喷水。过一段时间后，还能长出蘑菇。
蘑菇橄榄绿霉一般在播种后1～2周内发病，发生该病后菇房内有一股浓浓的霉味，初始在培养料表面和料内形成白色菌丝，气生菌丝直竖于料面上，长达5厘米左右。尔后，料内橄榄绿霉菌丝转变为橄榄绿色或褐色大小如油菜籽般子囊果，着生在培养料上。子囊果棉软而无硬度，表面凹凸不平，其症状区别于鱼籽菌。该病发生处的培养料发黑、发粘且有很重的霉臭味，发病部位料内的蘑菇菌丝生长受到严重的抑制。通常发生该病的菇房还伴有较多的鬼伞和褐色石膏霉的发生。当橄榄绿霉发生以后，应视病害严重程度来处理。若少量零星发生则人工扒除即可；若整床以上大面积发生，则应将病床料取出重新进行一次巴氏灭菌。
