柠檬的芽是枝、叶、花等器官的原始体。地上部的树干、大枝、侧枝、枝(梢)、叶和花均由芽发育而成，且随着芽的增加和积累而形成树冠。芽的生长，是柠檬结果、更新的基础。柠檬初生的幼芽呈紫红色。
柠檬芽是复芽，这种芽在数片不发达的肉质先出叶的叶间各有1个芽，当芽抽生后死亡或经人工抹除时，能刺激复芽中第二芽、第三芽再萌发，因此在枝梢一个节的芽位上往往能先后或同时萌发数条新梢。芽内只着生花的为花芽，只着生叶的为叶芽，同时有叶芽和花芽的称混合芽。柠檬的芽有异质性，即顶端的芽先生，形成顶端优势，顶芽以下的芽生长势依次减弱。柠檬的芽还有丛生性、隐蔽性和早熟性。柠檬芽的这些特性常为生产上所利用。例如利用芽的异质性，可用短截促下部的芽，以增加抽枝数，尽快扩大树冠；利用修剪和扭梢的方法，刺激隐芽萌发，以利更新树冠和丰满树冠；利用芽的早熟性和一年多次抽梢的特点，可短截幼树枝梢，缩短一次梢的生长期而多抽一次梢，以加快树冠的形成，促成早开花结果。
