清园一茬蔬菜收获后，很多病菌附在蔬菜残枝上散落田间，它进入壤中，成为下茬蔬菜的污染源。因此菜农应在蔬菜生长后期加强病害防治，直接减少病原菌基数，并且在每茬蔬菜收获后，彻底清除蚓司残枝树叶，对易感根系病害的蔬菜还要清除残根。深耕深耕的目的是破坏病菌的生存环境，一般要求每次收获后深40厘米，借助自然条件，如低温、紫外线等，杀死一部分病菌。消毒在夏季蔬菜换茬间隙，深耕后灌足水，盖上塑料薄膜进行高温消毒，可使上层10厘米处最高温度达70℃，能够杀死大量病菌，这是一种简单、有效的控防方法。
种葱大葱的根圈能产生抗菌微生物，对病菌能起到抑制作用，从而防止多种蔬菜病害。通过将大葱同蔬菜等作物间作、混作或轮作，能有效地阻止病原菌的繁殖，土壤中已有病原菌的密度下降，从而达到消毒土壤的目的。
轮作合理轮作不但能提高作物本身的抗逆能力，而且能使潜藏在地里的病原物经过一定的期限后大量减少或丧失侵染能力。蔬菜轮作有两类：一种是蔬菜与蔬菜之间的轮作，要求根据病原物在土壤中的存活时间，确定同类蔬菜种植的间隙时间；二是蔬菜与粮食作物之间的轮作，如蔬菜与水稻之间的水、旱轮作，效果较好。
换土对一些较为固定、品种选择余地小而且投资大、效益高的蔬菜设施栽培，如日光温室，可采用去老土换新土的办法控制土传病害。换去耕层表土，用无毒表土补充。
