具体操作方法如下：1.搜集孢子：用接种铲将收集的食用菌孢子铲人盛有3毫升无菌脱脂牛奶的试管中。
2.装安瓿管：用长20厘米的无菌吸管将孢子悬浮液移入各安瓿管的球形部分，每管约0.2毫升，然后将管口通过火焰，再用无菌镊子镊取少许无菌棉花塞于安瓿管口。
3.速冻：将安瓿管放入预备冻结剂内速冻2～3分，或在低温冰箱(-401～-35℃)内速冻1小时。预备冻结剂由1:1的干冰和95%的乙醇组成。乙醇最好经冰箱预冻过，使用时只要将乙醇倒人干冰中即可，这时的温度约为-70℃。
4.减压干燥：菌种悬浮液经低温冻结后，应迅速将沾结在安瓿管上的冰水揩干（当心冻伤皮肤），并立即置于真空干燥器内抽真空。真空度由麦氏真空计测量，一般要求在抽气15分后达到13.3帕以下，并维持真空度在1.67～10.00帕，这样经6～8小时就能抽干。为防止菌种冻块在抽干过程中融化，抽干时通常将真空干燥器置于1:3的盐冰水内，以维持菌种块的冻结。
5.真空熔封：菌种安瓿管经真空干燥后，应立即安接在抽气管上抽气熔封，抽气管是一个盲端多歧管。每个分歧管口装有真空橡皮管，安瓿管口就插在橡皮管内。熔封一般在真空度达到4.00～10.00帕时才进行，边抽气边将安瓿管颈熔封。熔封时火焰不宜过大，以免在烘熔管壁时烫伤菌体。菌种安瓿管熔封后应检查是否漏气。用电子真空枪检查时安瓿管应呈蓝色突光。
6.保存：菌种安瓿管经无菌检查和存活率检査合格后，可保存在2～61冰箱内，保存期至少1年，最多20年。中国科学院微生物研究所经过多年试验，认为真空冷冻干燥管也可以保存在室温下，他们曾在室温波动幅度为5～36$的情况下，保存236种共502株丝状真菌，4.5～8年后仍有87.4%的存活率，与保存在冰箱内的相差无几。
7.复苏培养：复苏培养时在开启的安瓿管内注人0.3～0.5毫升的无菌生理盐水或1%麦芽汁。菌种安瓿管开启时，无菌条件下先将安瓿管的封端加热后，在浸有来苏儿的湿布上滚一下，使管壁裂缝，然后再轻轻敲碎，切忌猛然割断，以免空气骤然进入，造成污染。安瓿管加入生理盐水后，“酥丸”（干后的菌种样品）自行溶化，摇动后即成菌种悬浮液，可接入相应的培养基上，复苏培养。
