冬瓜栽培中是最忌淹水，洪水浸过的冬瓜易烂苗。虽然冬瓜的生长，特别是果实的生长期是需要水分较多，但其根系生长也较浅，不耐涝，如果土壤淹水达40个小时，会引起植株死亡。
水淹后植株有出现枯萎，还有出现烂茎的现象，建议用根腐消生物杀菌剂500倍对叶片喷雾及灌根，株灌药液约250毫升然后再向叶茎喷一次0.04ppm芸苔素内酯。目的是利用根腐消进行对枯萎、疫病、黑胫、炭疽等多种真菌性病害进行防治。利用芸苔素内酯以提高植株的抗病害、抗涝，促进根系生长。如果喷施后情况有好转，则用芸苔素内酯加入500倍腐殖酸康宝液肥或金装绿兴液肥再喷施2～3次，以迅速补充植株的养分。待植株生长基本正常，再考虑适当向根际分多次追施薄肥，以满足植株开花结果的需要。
