贮藏甘蔗要注意控制温湿度。
温度的控制：一般要求温度控制在10度以下，最适宜的温度是9度左右。贮藏温度不能太高也不能太低，并需要定期观察贮藏地点的温度变化。因为如果贮藏温度太高，不仅贮藏时间短，而且甘蔗容易腐烂霉变，不宜食用。
湿度的控制：贮藏地点注意不要有积水，但也不能过于干燥。相对湿度最好保持在50%左右。
留种的蔗茎具有忌冻，忌热，忌干，忌湿和容易烂种等特点。在长江以南省区，只须在辅垫湿沙的室内竖贮即可安全越冬。而北方的隆冬气温骤降，滴水成冰，蔗种必须进行深藏冬贮。方法有两种。
（一）窖贮
选择土层深厚，避风向阳排水良好的坡地挖窖。窖深1米以上（依蔗茎高度选定窖的深度）蔗茎10根1捆，依次竖排入窖。蔗种除竖排贮窖外，也可选用头尾交错横卧排窖，窖底以“井”字形摆放好砖块，使窖内蔗茎凌空码垛。无论竖排或横卧贮窖，一般每隔1米坚放一个直径8-10公分的塑胶管，（内系一支湿度计）以利观测温度和通风换气。如遇窖土过干，蔗根要先用2%浓度的石灰水清液浸湿后排窖。窖面初期只须盖些蔗叶或草苫，上冻后再覆土30-50厘米厚，盖土后的窖顶呈龟背形或屋脊形，同时封闭通气孔。雪后要及时扫雪，以防雪水渗窖引起烂种。次年终霜后，应尽早开窖催芽育苗。
（二）沟贮
用全茎或蔗梢留种的亦可进行沟贮，其沟的深度与蔗茎或蔗梢的高度相等，沟底要求平整松软，蔗种倾斜排放。沟顶盖苫及覆土可参照上述窖贮方式进行。无论窖贮或沟贮，温度均以6度为最适,要求不低于4度，4度以下易受冻害,高不过8度,8度以上易伤热,10度始发气生根.蔗种因甜味浓烈,极易招惹蚂蚁,蝼蛄和老鼠为害,冬贮最好在沟,窖底及四周撒些绿矾或在蔗茎封顶后用敌敌畏或甲铵磷喷洒一遍,效果很好.次年开春天气好转,要分次减少覆土,以利通风增温。
