核桃在贮藏期间易发生的问题是生霉、虫害和油脂氧化（哈败）。因此，在贮藏时应及时给果面喷施新高脂膜并注意保持环境低温干燥、低氧高二氧化碳。
常温贮藏时，新高脂膜喷施核桃，等其干燥后装入麻袋内，放在通风、阴凉、背光的房内，防病菌感染，延长保鲜期。注意防止鼠害、霉烂和发热等问题的发生。冷藏时控制0～-2℃的贮藏温度，用麻袋或木箱包装，分层摆放于库内，控制60-70%的相对湿度，可以进行2年以上的长期贮藏。冷藏时的湿度很重要，湿度过高核桃易生霉腐烂，湿度过低则使核桃仁变干变硬，降低品质。气调贮藏或塑料薄膜大帐贮藏，可以有效地抑制呼吸、防止油脂的氧化，核桃耐高二氧化碳，在20-50%的高二氧化碳浓度下，还可以抑制霉菌的生长。
