菌种是通过人工培育的纯菌丝体及其培养基的混合体。生产中通常分为三级，即母种（一级种）、原种（二级种）、栽培种（三级种）。
1.母种：利用食用菌的子实体经组织分离或孢子分离培育而成，一般盛装在玻璃试管内；直接分离而成的母种称为原始母种，原始母种转扩一次而成的母种称为一级母种，一级母种再转扩一次而成的母种称为二级母种。生产中常用三级或四级母种生产原种。实践证明连续多次转扩母种，会使菌种生活力降低，使品种发生退化甚至变异。
2.原种：由母种转扩而成，容器一般选用标准菌种瓶、葡萄糖瓶或其他瓶类，培养料有棉籽壳、麦粒、玉米粒、玉米芯、木屑等。一支母种可转扩5～8瓶原种。
3.栽培种：由原种转扩而成，容器一般为菌种瓶或塑料菌种袋。生产中多采用聚丙烯或聚乙烯塑料袋，一瓶原种可以转扩40-60瓶或20-30袋栽培种。
