消毒方式可采用化学消毒与物理消毒两种方式进行，化学消毒方式有代森锌粉剂、多菌灵粉剂消毒、多菌灵粉剂消毒、福尔马林消毒、氯化苦消毒等，物理消毒可采用高温消毒的方法。生产中应根据自己的实际情况合理选择消毒方法。
（1）福尔马林（40%甲醛）消毒：福尔马林兑水配成100倍液喷洒，每千克可处理4000—5000千克营养土，喷洒后拌匀，用无破损的农膜闷5—7天，以充分杀死病菌和虫卵，揭开农膜7天以后，待药味挥发完才能安全使用。
（2）50％多菌灵粉剂消毒：每立方米营养土用50%多菌灵粉剂40克，拌匀后用无破损的农膜闷2—3天，揭开农膜待药味挥发完后使用。
（3）65%代森锌粉剂消毒：每立方米营养土用65%代森锌粉剂60克，拌匀后用无破损的农膜闷2—3天，揭开农膜待药味挥发完后使用。
（4）氯化苦消毒：营养土堆成30厘米高的土堆，其长和宽都以适宜覆盖农膜为大小原则，在土堆上部每30厘米见方开一小孔，孔深10—15厘米，在每个孔中注入氯化苦5毫升，并立即堵住孔，施完药后，在上面再堆一层同样厚的土，按上述方法同样施药。这样堆土和施药数层后，立即在整个周围用塑料薄膜密封，经过7—10天可以消灭多种土壤病虫害。揭膜后要充分翻动土堆，以尽快散去药气，一般7—10天后可正常使用。此种方法对瓜类枯萎病效果较好。
（5）高温消毒：夏季高温时期，在扣棚摸的大棚或温室中部，把营养土平摊为10厘米厚，关闭所有的通风口，使中午棚室内的温度达到60度以上，这样维持7—10天，可以消灭大部分营养土内的病原菌。另外，美国、日本等发达国家的育苗营养土普遍采用高温蒸汽消毒法。消毒时把营养土用塑料薄膜密封，通入100度的高温水蒸气，使营养土达到60—80度，维持15—30分钟，对猝倒病、立枯病等多种病虫害有防治作用。
