菠菜生长适温为15-20℃，耐热性极弱，超过23℃生育迟缓，25℃以上病害多发，栽培困难。叶面出现黄色斑点的病害如：炭疽病，发病初期叶片上出现黄色点，渐扩大成灰褐色病斑，病斑上有轮纹、中央有黑点。叶斑病，下部叶片先发病，病斑为圆形至近圆形，边缘明显，直径约为0.5-3.5毫米，发病初期病斑中间退绿，后扩展逐渐为白色斑或中间破裂。防治药物可用25％禾果利1500倍，或72.2％霜霉威500倍，或70％甲基硫菌灵800倍，交替用药，每7-10天喷1次，连续2-3次。
此外，如果根部出现有白色或褐色的根结，且须根很多，则有可能是出现根结线虫为害，可用40％博雅灭线磷兑水灌根防治。
