由于气候、土壤、水稻品种、施肥等因素，水稻病害时有发生，而苗期主要病害有恶苗病、立枯病、青枯病、恶苗病和棉腐病。
立枯病：此病属于真菌性苗期病害。一般由于土壤消毒不彻底，气候失常（持续低温或气温忽高忽低），苗期管理不当（土壤黏重、偏碱、播种过早、过密、过厚），种子受伤、受冻、浸种过长、活力差等条件，有利于此病发生。
症状：秧苗枯黄卷缩，茎基部有红褐色病斑，逐渐枯萎烂死，用手拔苗时，茎基部与根脱离，容易拔断，最先是一簇一簇发病，农民称其为“麻雀窝”或“圈圈病”，逐渐波及整个苗床。后期受害主要表现心叶枯萎卷缩，茎基部软化腐烂，全株变黄色、枯死，病苗基部多生有红褐色霉状物。防治措施：①床土要调酸，主要是使用调酸、消毒、杀菌壮秧剂达到调酸、消毒、杀菌作用。②苗床发病时，可在一叶一心时期，用PH值4.0～4.5酸水，配合土壤杀菌剂，各喷施一次，或在播种前，直接把药剂和壮秧剂拌在一起（按说明用量）拌土，再进行播种，可达到前期预防的作用。
青枯病：在春季育苗期间，遇突然低温，而后马上升温，秧田又不能及时灌水的情况下发生，稻苗体内蒸腾和吸水作用失去平衡，造成生理失调，引起的生理障碍性病害。
症状：稻苗心叶卷筒状，叶片卷成针形，叶色发青，秧苗呈黄褐色萎蔫而枯死，茎基部无褐色病斑，用手拔苗时，可连根拔起，苗床中间（过密处）发病重，呈现不规则一簇一簇死苗现象。防治措施：①此病主要掌握催芽技术和加强苗床管理，催芽温度严格控制，稻芽催芽要整齐粗状，不可过长。②播种密度适当，覆土不能太厚，早炼苗，秧苗一叶一心期开始通风练苗，一般晴天9～10时开始通风，14～15时闭膜保温。插秧前3～5天可以昼夜通风或撤下棚膜。
恶苗病：这种病害就是农民平时所说的“公稻子”，是危害较重的苗期病害，发生严重时，个别品种发病率高达50％，使田间基本苗数大减，影响产量。症状：水稻发生恶苗病后，最典型症状就是徒长型恶苗，在秧田、本田都可以看到，播种后不久，就出现病株颜色淡黄，生长细长瘦弱，常枯萎死亡，没有枯死的病苗也会比健苗高出l／3，叶和叶鞘都细长，并且根系发育不良，分蘖差。在本田，插秧后病株仍生长较快，节间明显伸长，节上并且出现倒生根，植株颜色较淡，叶片较正常植株窄，稻秆内生有白色的霉状物，后期会变成淡红色，有的时候会出现黑色的小点。发病的植株抽穗较早，穗子也较小，并且谷粒也很少，或者根本不结实，生育后期病菌可侵染稻粒表面，在谷粒表面形成浅红色霉层。防治措施：①由于恶苗病主要是以种子传播的，所以在选种时要选用无病种子，具体措施是：不要在发病田及发病田附近的稻田留种，要到正规单位去购种。②严格进行种子消毒、浸种，药液浸种时必须注意的是液面一定要高出种子层面15～20厘米。而且药量要足：浸种时间要达到7天，要多翻动。③不管是在秧田还是本田，发现病株应及时拔掉，防止扩大侵染。妥善处理病稻草，不能随便乱扔，可集中高温堆沤，严重的火烧。
绵腐病：水稻秧苗期常发生的一种真菌性病害。绵腐病多发生在3叶期前长期淹水的湿润秧田。播种后遇低于10℃以下的低温，秧苗根系活力减退，吸水吸肥能力下降，引起根系生长缓慢，秧苗抗性下降，病菌便乘虚而入，浸染秧苗，造成烂秧。秧苗3叶期前后，气温愈低，持续的时间愈长，烂秧就愈严重。稻苗幼芽长到1.5厘米长时最易发生此病。
症状：水稻播种后，病菌侵染幼芽，7天左右显症，起初在颖壳破口或幼芽基产生乳白色胶状物，随后向四周放射长出白色絮状菌丝体或幼芽枯死。秧田初期为点片发生发生，若遇低温绵雨或厢面秧板长期淹水，病害会迅速扩散，造成全田性死苗。防治措施：加强水分管理：湿润育秧播种后至现芽前，秧田厢面保持湿润，不能过早上水至厢面，遇低温下雨天短时灌水护芽。一叶展开后可适当灌浅水，2~3叶期以保温防寒为主，要浅水勤灌。寒潮来临要灌“拦腰水”护苗，冷空气过后转为正常管理。
