大棚因其密闭的环境条件，在施肥方法上也与露地常规蔬菜施肥方法不同，如果施肥不当，会导致土壤板结，蔬菜肥害，还会引起蔬菜产品内硝酸盐和亚硝酸盐超标，严重危害人体健康。因此大棚蔬菜要高产、优质、安全，必须做到科学施肥。
一、增施有机肥。有机肥能增加土壤有机质的含量，养分齐全、肥效持久，施用后不仅能改良土壤结构，还可为蔬菜提供多种养分，而且有机肥分解时产生的二氧化碳是一种气体肥料，能促进蔬菜生长发育，增加产量。一般每亩应施优质有机肥不少于5吨。并且多施些热性肥料。
二、有机肥要腐熟。大棚蔬菜施用有机肥肥时要充分腐熟。因为有经腐熟的有机肥存有病菌和虫卵，施入后容易使蔬菜产生病虫危害。另外，如果将农家肥放到大棚里再进行腐熟，将会产生氨气烧伤菜苗。因此，农家肥要充分腐熟后再施用。
三、化肥施用要适量。大棚内的肥料不容易流失，过度施用化肥，会引起土壤中盐类浓度增加，导致土壤盐渍化。要控制氮肥，增施磷钾肥，禁止或限量施用硝态氮肥。不宜施含氯化肥，因为氯离子能降低蔬菜中的淀粉含量，使品质变劣，而且残留于土壤中易造成土壤板结。限量施用硫酸镁、硫酸铵类肥料，因为硫酸根离子，不易被蔬菜吸收长期施用会残留在土壤中，危害蔬菜生长。
四、施肥方法要科学合理。底肥最好在蔬菜定植一周前施用，并且要与土壤混合均匀。追肥要在距植株7-10厘米的地方沟施或者穴追。追肥后要及时盖土、浇水，千万不要将肥料直接撒在地面或植株上，以免肥料挥发或烧伤蔬菜秧苗。根外追肥应在蔬菜需肥量最大，以及蔬菜生长后期施肥，最好选择在阴天或傍晚的时候进行，尽量将肥液喷到新叶及叶子背面，以利于蔬菜吸收。
五、适量施用微肥。微量在蔬菜上需求量虽然很小，但它在蔬菜代谢中的作用却很大，能大大提升蔬菜品质。目前常用的微肥有硼、钼、锌、铁肥等。微肥多做基肥施用，也可以用于拌种、浸种或根外追肥。微肥适量与过量之间的范围比较窄，所以用量一定要准确，避免造成肥害。
六、推广施用生物有机复合肥料。生物肥料含有微生物活化菌，它是由有机肥、无机肥、菌肥、增效剂复合而成的“四合一”肥料，实现了各种肥料的科学配方，优势互补，效益互促，是实现大棚蔬菜平衡施肥的最佳肥料之一。
七、尽量施用蔬菜专用性肥料：在实施配方施肥的前提下，推广蔬菜专用型复合肥料。专用性肥料是根据不同蔬菜的需肥特点和土壤供肥状况而研制确定的，养分更齐全，营养更科学，配方更合理，针对性更强，施用后能显著提高大棚蔬菜产量和品质。
