线虫可在种植前用药拌肥撒入土中预防，可用阿维菌素颗粒剂或辛硫磷颗粒剂或毒死蜱颗粒剂拌肥。山药黑皮病的病菌在土壤里和种子上越冬，带菌的肥料、土壤、种子是初浸染源，病菌借雨水传播，连作、排水不良都会加重发病。防治山药黑皮病，首先要注意轮作和进行种薯消毒，在种植前要用800倍多菌灵水溶液浸泡种薯15～20分钟，捞起沥干水分后再种植。在山药地下块茎膨大期间中，注意用药防治，一般每15～20天根部淋一次800倍枯草芽孢杆菌水溶液或600倍50%五氯硝基苯水溶液、800倍80%多菌灵水溶液、600倍80%敌磺钠水溶液、1000倍46.1%氢氧化铜水溶液，连续2～3次，每次每株淋1～1.5公斤，均匀淋在山药植株根部周围的土壤中，以水分完全进入土壤中不外流为宜。
