蘑菇培养料经过15~18天的前发酵后，移入菇房进行后发酵，后发酵的技术关键在于温度的控制。可分三个阶段进行：即升温期、持温期、后降温期。
1、升温期＜巴氏消毒期＞从45℃开始加温至58-62℃进行巴氏德消毒。料偏生的保持6-8小时，料偏熟的保持2-4小时，通过巴氏德消毒，消除和减少了前发酵未杀死的有害杂菌和虫害及虫卵等。
2、持温期(控温发酵期)：此期是二次后发酵的主要阶段，其目的就是为喜温细菌，放线菌，喜温霉菌等创造适宜的环境条件，掌握它们的活动规律，促使它们的活动大量繁殖和活跃地活动。此阶段如料偏生，应维持在4-7天，偏熟的料应掌握在2-4天。
3、降温期：即后发酵后期：经第二期持温后、视料的生熟度及各种有益微生物繁殖度而开始降温，待温度降至45℃时，要开放门窗通风。降至料30℃以下，促使这些有益微生物停止生长，形成被蘑菇吸收利用的最佳菌体蛋白。
后发酵应注意的事项：
1、加温期间应定时通风换气，保持室内好氧状态：每隔3-4小时必须通风换气一次，每次4-5分钟，适时添火源。
2、含水量要偏高，进行后发酵的培养料进房时，含水量应比播种时培养料的含水量高10-15%即在70-75%，如含水量不够，应于后发酵点火前喷PH值为8-9的石灰澄清液调节至以上要求。
3、防止升温、降温过快：在后发酵期间，升降温若过快，则会缩短微生物活动的诱导期，妨碍了料内氨的利用和散发及不能有效地杀灭耐温性杂菌孢子。
4、合理调节室温和料温的变化；室温和料温的升和降要相互兼顾，若只顾料温不顾室温，菇房不能达到有效消毒。
5、缩小温差：室内后发酵时，床架的下层温度偏低，上层温度过高。因此，上下两层在后发酵时最好不要放料，以防温度悬殊而使后发酵失效。
6、注意安全：后发酵期间要防止煤气中毒，室息、火灾及塌架等。
