合理施肥是提高土壤微生物菌群的关键。生姜生长需要充足的氮、磷、钾等营养元素，而这些元素的来源主要是土壤中的微生物分解有机质产生的营养物质。因此，土壤中的微生物数量和种类直接影响生姜的生长和产量。在施肥方面，可以采用有机肥、矿物肥、微生物肥等多种肥料的组合使用，以达到最佳的营养平衡和微生物菌群的增殖。
保持土壤湿润度和通气性也是提高微生物菌群的重要措施。生姜的生长需要适宜的土壤湿度和通气性，过于干燥或过于潮湿都会影响生姜的生长和微生物的繁殖。因此，在土壤管理过程中，要注意及时浇水和松土，保持土壤湿润度和通气性，以利于微生物菌群的增长。
采用生物技术手段也是提高土壤微生物菌群的有效途径。例如，可以利用土壤改良剂、生物制剂等，增加土壤有机质含量和微生物菌群的数量，从而提高生姜的产量和质量。同时，也可以利用生物技术手段降低土壤中的有害微生物数量，防治生姜的病虫害。
