种子加工是种子物料在场上作业，净度达到90%以上之后，向着更高商品化的进一步深加工。其中清除种子物料中的各种杂质是种子加工实现商品化的首要环节。一般参考如下原则。
1、清除比好种子在重量上明显轻，且尺寸大小和好种子有明显差别的，应首选风筛式清选机械。该机械目前使用最普遍。
2、清除在长短尺寸上有明显差别，且经过风筛选加工后仍有不能清除的长杂或短杂时，应当试选窝眼式清选机。
3、经过风筛式清选机和窝眼式清选机加工后，净度已经明显提高，且粒度比较均匀，但仍有一些诸如玉米中的干瘪粒、虫蛀粒、穗腐病粒；小麦中的干瘪粒、虫吸粒，带壳粒；水稻中的干瘪粒、黑粉病粒、芽谷粒；豆类中的虫蛀粒、病粒、皱皮粒……以上杂质多属密度（比重）杂质，在重量上往往与好种子相近，甚至重于好种子，非用比重式清选机械不能清除。比重式清选机械随着种业的发展日趋普及，操作难度大于风筛式清选机械。
当然在进行清选前有的种子还需要脱粒、取籽、除芒、脱绒、磨光、去石，那还要选购相应的机械进行加工。如玉米种子从果穗开始加工，应选脱粒清选机械；水稻需要除去稻芒，应选用除芒机。
如果种子已经清选达标，还需进行深加工，如拌药、包衣、丸粒化，还有计量、包装，均需要选购相应的机械。
种子加工机械不但功能不同，种类繁多，而且在具体使用上也有档次之分。
高级档次，用大型成套设备，俗称流水线，气派且投资大，适应大规模生产经营，现代化水平高，加工效果自然好。
一般初级档次仅用单机，只能清除某一种杂质，难以一次加工达标。
中级档次为种子加工配套机组，就目前而言适应当今中国种业崛起的生产力水平和生产经营模式，具有投资少，见效快，操作简捷，移动方便，坚实耐用，回报率高的优势，较受种业界的欢迎。
