番茄缺钙：容易导致脐腐病，该病始发于幼果脐部，初为水浸状暗褐色斑点，病斑逐渐扩大发展成下陷、革质、褐色或黑色坏死区域，潮湿时斑上腐生黑色霉状物。坚硬的褐色区域可以扩展至果实内部，病果提早变红，属典型的生理性病害。各种品种都较易感染此病。
番茄缺钙防治方法：一是科学均衡施肥，除施足腐熟的有机肥做底肥外，还要用一定量的过磷酸钙，以防土壤缺钙。二是深耕土地，采用地膜覆盖栽培，保持土壤水分相对稳定，减少土壤中钙的流失。三是适时浇水，尤其是结果期注意水分的均衡供应，严防忽干忽湿。开花结果期如遇高温干旱要及时浇水，雨季注意雨后排水。确保根系的正常功能。四是生长前期要稳施氮肥，避免营养生长过旺，在坐果期可叶面喷洒1%的过磷酸钙浸出液或1%的氯化钙液，每10天左右喷1次，或用美林高效钙和其他钙制品喷洒幼果，间隔5天-7天喷1次，每穗果连喷2次-3次。另外，在幼果期要及时摘除脐腐果，以减少植株体内的养分消耗，保证健果生长。
番茄缺钾：番茄是需钾较多的作物，缺钾时，叶脉保持绿色，但主叶脉之间的叶片组织褪绿，叶片卷曲、呈赤绿色，严重时沿叶缘发生灼伤。缺钾症状首先出现在老叶上，钾不足降低了果实中酸的含量，同时引起果实内部褪色。有时即使土壤中钾的含量不低，由于中后期根系吸收能力下降，不能提供足够的钾素供给果实发育和植株生长，当果实成熟时仍表现出缺钾症状。当土壤中的钾供应不足时，果实的发育就以损害叶片为代价，通常当结3穗-4穗果后，老叶出现缺钾，症状尤为明显。若根系发达，则症状出现较迟。
番茄缺钾防治方法：栽培时施足钾肥，钾肥易挥发，易淋失，应采取基施、追施以及叶面喷施相结合，以保证中后期钾素的供应。
番茄缺磷：苗期磷素不足会使植株生长缓慢，叶片变紫，有时土壤中并不缺磷，但常因低温、干旱阻碍了根系的吸收能力，而出现缺磷症状。磷素在土壤中移动性较小，幼苗期需磷量大，应底施、深施。磷易被土壤胶体固定，所以施磷肥时可与腐熟好的有机肥混合施或开沟集中施，可采用颗粒状磷肥，使其减少与土壤的接触面。生长中后期叶面喷施补磷，提高磷肥的利用率。
番茄缺铁：铁属微量元素，但铁元素在植物生长发育中起着重要作用，铁不足可使叶片褪绿，但叶脉包括小分枝的叶脉仍为绿色，特别是碱性的土壤阻碍植株对铁的吸收。应配施铁肥，但不宜过量。一般采用硫酸亚铁，底肥2千克／亩-7.5千克／亩，叶面喷施0.2%-1%的水溶液。
番茄缺锌：锌不足可使叶脉间叶片变黄，并发展成黑色斑点或变紫，缺锌严重，可阻碍植株生长。植株生长期可叶面喷施硫酸锌0.02%-0.1%水溶液预防。