保护地育苗将种子用凉水泡一昼夜除去种皮上的粘液捞出后用布袋包好放入15-20℃的地方。用30℃的温水浸饱12小时，捞出后放入室内或15-20℃的地方催芽，当80%的种子露芽时即可播种。如是当年采收的种子，用新高脂膜拌种能驱避地下病虫，隔离病毒感染，不影响萌发吸胀功能，加强呼吸强度，提高种子发芽率。
在播种畦施入充分发酵的基肥，播种时先浇水，水下渗后撒播。撒种前应将种子用细砂拌和，然后均匀撒在畦面。如遇高温烈日，播育苗可在畦面上搭盖一层遮阳网尽量使畦面见到散光，待出苗后，分次撤掉。芹菜从育苗到移栽大约需40天左右当子叶平展快出真叶时进行疏苗，再隔5-7天间一次苗，共间苗2-3次。幼苗长到2-3片套叶时可追施一次肥+光合营养膜肥提升光合作用产能营养物质和叶绿素，保持土壤混润，促进幼苗生长。