越冬前控制氮肥的施入量。菠菜越冬前保证其长出4～5片真叶。因为4～5片真叶的菠菜抗寒性能最强，过大或过小都易遭受冻害。所以，播期要合适，积肥要充足，越冬前要适当控制氮肥的施用，防止秧苗徒长，干物质和糖分积累量减少而遭受冻害。
施足基肥。越冬菠菜生育期较长，基肥必须施足。一般以有机肥和应施的全部磷、钾肥做基肥全层施入，然后整地作畦。
返青后肥水管理是关键。追肥随灌水进行，返青后追肥过早会降低土温，影响缓苗和生长，追肥过晚会延迟菠菜的生长。3月中、下旬和4月上旬分两次追施较适宜，因为此时外界气温和土温回升较为稳定。追肥必须在菠菜抽薹开花前进行。此期有利于提高菠菜的产量和品质。施肥时加入植物电子肥施用可增加肥效，加速新陈代谢频率。
合理掌握铵态氮肥的施用。菠菜对铵态氮肥敏感，越冬菠菜的生产季节正值秋冬和冬春交界时期，此时土温低，土壤的消化作用很弱，因此少用铵态氮肥，多用硝态氮肥。