苦瓜为雌雄同株异花作物，并且雄花比例远远多于雌花。一般植株在主蔓长至第四至第六叶节便开始发生第一朵雄花，长到第十至第十四叶节时发生第一朵雌花，此后每一叶节都发生有花，但雄花数量上占绝对优势。并且，苦瓜主蔓上雌花结果率有随着节位上升而降低的倾向，产量主要靠第一至第四朵雌花结果。
摘除侧蔓减少养分的消耗有利于提高主蔓的结果率。在正常情况下，每一主蔓或侧蔓的每一叶节，大多能发生侧蔓或次侧蔓，一般侧蔓上第一叶节就开始生花，多数侧蔓连续发生许多雄花后才发生雌花，所以苦瓜常出现花多果少的现象。因此，栽培苦瓜应当重视整枝打杈、肥水供给、控制营养才能提高产量。此外，为提高结瓜率，建议进行人工授粉，以减少不良天气影响。