1、雌蕊败育现象严重。石榴的花器形态大体可分为4种类型：(1)雌蕊高于雄蕊；(2)雌蕊等于雄蕊；(3)雌蕊低于雄蕊，退化1/2-1/3；(4)雌蕊完全退化。一、二类花子房肥大，是坐果的主要花类，为雌雄蕊发育正常的完全花，但其只占总花量的1/3，有些品种甚至更低；三类花为数不多，若树体营养充足，这类花可以发育为完全花；四类花占总花量的大多数，有些品种达90％以上。可见，大量的雌性败育花是导致大量生理性落花落果的主要原因。
2、花药散粉和雌蕊接受花粉的时间短。花药散粉受气温、光照等自然条件的影响，光照充足，气温适宜则有利于开花散粉。石榴花朵在每天上午8:00-10:00时开放的第二天8:00开始散粉，大量散粉在16:00时左右；随气温升高，光照增强，当天开放的花朵多在18:00时前后散粉，第二天8:00时已大量散粉，但在6月20日以后，气温不断升高，光照进一步增强，花药散粉量反而减少，而且散出的花粉色泽暗淡，生命活力减弱。石榴雌蕊柱头接受花粉的能力直接影响坐果率的高低，在自然情况下，石榴开花前天和当天、第二天授粉，可以获得较高的坐果率，而在花朵开放3天后再授粉，雌蕊柱头已推动接受花粉的能力。
3、开花前期昆虫少。石榴虽具有自花结实能力，但坐果率不高，而异花粉则能显著提高坐果率。