温室番茄的病害主要有：叶霉病、白粉病、灰霉病、晚疫病、早疫病、煤污病、菌核病、青枯病、软腐病、细菌性髓部坏死病、茎基腐病、花叶病、条纹病、卷叶病、日灼病、脐腐病。虫害主要有斑潜蝇、白粉虱、蚜虫。按植物病害的发病原因可分为非侵染性病害和侵染性病害。非侵染性病害的防治又称生理病害防治，侵染性病害防治分为三种类型：土传病害的防治；叶、茎、果病害的防治；虫害的防治。
1、非侵染性病害防治(生理病害防治)
如脐腐病、日灼病应加强管理，增强土壤保水能力。高温干燥期间避免使用浓度过高或含氮量过多的化学肥料。
2、侵染性病害防治
2.1土传病害的防治。如枯萎病、线虫病等，可采取以下方法：
2.1.1土壤消毒
土壤消毒可用高锰酸钾、甲醛进行，若是夏季高温季节可对土壤进行覆膜高温闭棚消毒。
2.1.2栽培管理
合理密植，改善作物通风透光条件，降低地面湿度，避免偏施氮肥，适当增施磷、钾肥，提高作物抗病性。作物生长中后期结合施药，喷施叶面肥2--3次。
2.1.3药剂防治
在作物生长中期，如发生病害，可选用相应的药剂进行喷雾或灌根，灌根的方式除采用淋湿外，还可以将喷雾器的喷头取下，直接用喷雾器杆灌根。如发现线虫，可用棉隆、阿维菌素、二氯异丙醚杀线虫剂直接用药。
2.1.4合理轮作
重病棚室改种耐病的甜椒、辣椒等蔬菜，可减轻危害。还可改菜，如生菜、小白菜等速生绿叶菜,这类蔬菜虽易感病，但对产量影响不大，可减轻线虫病危害带来的损失。
2.2中、茎、果病害的防治
如叶霉病、白粉病、灰霉病、煤污病、早疫病、晚疫病、菌核病、茎基腐病、软腐病、细菌性髓部坏死病，青枯病、花叶病、条纹病、卷叶病，可采取以下方法：
2.2.1真菌性病害或有状物生成的病害
晴天可用多菌灵、百菌清、甲基硫菌灵、代森锰锌等药剂喷雾防治,遇阴雨天气,可用百菌清、速克灵等烟剂熏蒸防治。
2.2.2细菌性病害
加强田间管理，及时排除积水，避免积水伤根，同时要及时喷施农用链霉素、琥胶肥酸铜等细菌性药剂。
2.2.3病毒性病害
加强苗期管理，培育壮苗，防治好蚜虫等病毒传播媒介，也可挂银灰膜条避蚜,发现病株要及时喷施植病灵、毒克星，也可喷施抗病毒诱导剂83增抗剂，以控制病害蔓延，对植物病毒、传毒介体有综合作用。
2.3虫害的防治
如白粉虱可以利用黄板诱虫，蚜虫可用银灰膜条避蚜，斑潜蝇可喷施斑潜王来防治。