微量元素是大豆生长发育过程中不可缺少的，往往因某一微量元素的缺乏,造成产量降低,品质下降。
大豆缺镁，植株矮小，老叶呈灰绿色，叶脉间产生黄色斑点，应及时叶面喷施0.5％的硫酸镁溶液；
大豆缺锰，首先表现在新叶上，除叶脉外其余部分均呈黄色，应及时喷施0.05％的硫酸锰溶液；
大豆缺钼，幼叶呈黄绿色，叶脉间显现缺绿症并肿大向下卷曲，应及时喷施0.05％的钼酸铵溶液。叶面喷肥用量少，可间隔7-10天喷一次，连喷2-3次。
大豆对缺硼也较为敏感，缺硼会影响正常的生长发育，植株矮化丛生;新生根发育受阻,根瘤无或少而小，造成花荚脱落，可分别在苗期和初花期各喷一次0.2％的硼砂溶液。