种子经消毒后充分洗净，用20-30℃清洁的水浸泡6-8小时，使种子充分吸水，然后淘洗干净，沥水至种皮发干，用清洁湿润的毛巾或纱布包好，放到30℃的环境下催芽(冬季可包好放到贴身的内衣袋中)。催芽期间每天用清水淘洗1-2次，一般经24-30小时后多数种子均会发芽。由于甜瓜种子发芽需氧量高，催芽期间还应注意透气要好，否则会严重降低发芽率。
甜瓜种子开始发芽后，应将温度降至27-28℃甚至25℃，以使幼苗粗壮。芽长不超过1厘米播种为宜。如因天气等原因不能及时播种，应将种子平摊，盖上湿布，放在10℃左右的条件下短期保存。