木瓜的种子着生于果腔中，由种脐连结在维管束末端的乳状突起上。维管束与内果皮聚合为一层乳白色的网膜紧贴于果肉。成熟的木瓜种子呈黄褐色或黑色，外种皮有皱折，外种皮外为一层透明胶质的假种皮所包裹，保护着种子，但也阻碍着种子对水分的吸收，延缓发芽，故采收木瓜种子后要擦去假种皮，即播或晾干待播。
木瓜种子的多少，与雌蕊发育程度、授粉受精是否充分及外界环境有关。有的果实可多达1000多粒种子，有的果实仅有种子数粒甚至没有。木瓜种子多且发育良好，果实发育也良好且坐果率高。计划留取种子的木瓜，应选择发育良好的雌花或两性花，取两性花的花粉人工充分授粉，并待果实黄熟过半才采果，后熟至全黄熟时才剖取种子。
木瓜种子大小因不同品种而异，每克干种子约有50~65粒。新鲜的种子生活力强，发芽率高，阴干后妥善贮藏一年的种子，其发芽率尚有70%，但贮藏不善和陈旧种子发芽率低，甚至丧失发芽力，故播种前应进行发芽率测定。
木瓜种子发芽的适宜温度为35℃左右，低于23℃或高于44℃均对木瓜种子发芽不利。有国外试验结果表明：当白天气温35℃、夜间气温26℃时发芽最快。故播种育苗前最好在35~37℃的环境中进行种子催芽，用恒温箱或自制灯泡增温箱均可，待种皮裂开见白，即种子开始萌发时才播种，可提高发芽率，且幼苗生长较整齐。