木瓜正常生长、开花结果需要充足、均衡的水分，雨量充沛且降雨均匀的环境最适合木瓜的要求。保持土壤湿润，是保证木瓜生长迅速，生物产量和经济产量高，周年生长，开花结果良好的重要条件。尽管木瓜根系发达，吸收能力强，有一定的耐旱力，但土壤水分不足时，植株生长缓慢，树干、叶片纤细，开花结果迟且差；严重缺水时木瓜植株叶片萎蔫，出现落花落果和落叶。但木瓜根系肉质性，呼吸作用强旺，又要求土壤通气良好，若土壤水分多，地下水位过高，会引起烂根，暴雨浸园半天会造成植株严重受害甚至死亡。如土壤通气不良，木瓜植株根系会生长不良或烂根，会影响地上部分的生长、发育，使植株细弱、早衰，叶片枯黄脱落，落花落果甚至整株死亡。一般认为年降雨量在1000~1500毫米且分布均匀的区域适合木瓜生长发育的要求。我国木瓜产区年降雨量大多数在1500毫米左右，但分布极不均匀，在4月至9月的降雨量占全年的80%以上，在10月至次年3月仅占全年降雨量的20%以下，在海南三亚地区11月至次年4月半年降雨量仅占全年的8.27%，在干湿季节特别明显，对木瓜生长不利，常致暴雨季节因园地积水而烂根，旱季持续时间长，植株生长停滞、落叶、落花和落果。即使是雨季，也时有夏旱、秋旱发生。因此，木瓜栽培要重视及时排除积水和补充供水。
同时，空气湿度高低对木瓜生长也有影响。国外研究认为，品质最好的木瓜通常生长在空气湿度低的地方。因此，保持果园通风透光良好，有利于减少木瓜病虫害和提高果实品质。