辣椒病毒病发生后造成辣椒三落（落花、落叶、落果），田间症状十分复杂。
最常见的有两种类型，其一为斑驳花叶型，所占比例较大，这一类型的植株矮化，叶片呈黄绿相间的斑驳花叶，叶脉上有时有褐色坏死斑点，主茎和枝条上有褐色坏死条斑。植株顶叶小，中、下部叶片易脱落。其二为黄化枯斑型，所占比例较小，植株矮化，叶片褪绿，呈黄绿色、白绿色甚至白化。植株顶叶变小，狭长，中、下部叶片上常生有褐色坏死环状斑（褪绿变黄的组织上由许多褐色坏死小点组成环状斑），有时病斑部开裂，病叶极易脱落。后期腋芽抽生丛簇状细小分枝。
常见的发病症状有4种类型：花叶、黄化、坏死和畸形。
1、花叶型：典型症状是病叶、病果出现不规则退绿、浓绿与淡绿相间的斑驳，植株生长无明显异常，但严重时病部除斑驳外，病叶和病果畸形皱缩，叶明脉，植株生长缓慢或矮化，结小果，果难以转红或只局部转红，僵化。
2、黄化型：病叶变黄，严重时植株上部叶片全变黄色，形成上黄下绿，植株矮化并伴有明显的落叶。
3、坏死型：包括顶枯、斑驳环死和条纹状坏死。顶枯指植株枝杈顶端幼嫩部分变褐坏死，而其余部分症状不明显；斑驳坏死可在叶片和果实上发生，病斑红褐色或深褐色，不规则型，有时穿孔或发展成黄褐色大斑，病斑周围有一深绿色的环，叶片迅速黄化脱落；条纹状坏死主要表现在枝条上，病斑红褐色，沿枝条上下扩展，得病部分落叶、落花、落果，严重时整株枯干。
4、畸形型：叶片畸形或丛簇型开始时植株心叶叶脉退绿，逐渐形成深浅不均的斑驳、叶面皱缩、以后病叶增厚，产生黄绿相间的斑驳或大型黄褐色坏死斑，叶缘向上卷曲。幼叶狭窄、严重时呈线状，后期植株上部节间短缩呈丛簇状。重病果果面有绿色不均的花斑和疣状突起。